Untuk mencapai maksud dan tujuannya, maka Yayasan Akar Rumput di dukung oleh beberapa lembaga dibawahnya sebagai bagian dari aktivitas pelayanannya kepada masyarakat. Lembaga-lembaga tersebut antara lain:

• Recent (Resources Center) Media
  Lembaga bawahan yang bertujuan untuk mengembangkan gagasan, aktivitas, dan media kreatif dalam dimensi pembelajaran dan pendidikan yang luas demi pencerahan, liberasi sosial, dan pemberdayaan. Lembaga ini terdiri dari beberapa divisi, yaitu : Recent Creative, Recent Publishing, Recent Production, Recent Radio dan Recent TV.
• Pusat Riset Akar Rumput
  Lembaga bawahan yang berfungsi mengembangkan berbagai riset unggulan dalam berbagai bidang, termasuk dalam upaya pengembangan dan penyadaran intelectual property right di kalangan masyarakat luas
• Educational Desk (Penyelenggara Pendidikan)
  Lembaga bawahan yang berfungsi menyelenggarakan lembaga pendidikan secara implementatif dalam berbagai bentuk, baik formal maupun non-formal;
• SPACE (Social Participative Consortium for Civic Education)
  Lembaga ini merupakan Konsorsium Partisipasi Masyarakat untuk Pendidikan Kewargaan. Lembaga bawahan yang berfungsi mengembangkan berbagai kegiatan dalam penyebarluasan civic education di tengah masyarakat
• Beasiswa Akar Rumput
  Lembaga bawahan yang berfungsi menggalang dana bagi pemberian bantuan beasiswa bagi anak-anak muda yang potensial;
• Educational Watch (Pengawasan Pendidikan)
  Lembaga bawahan yang berfungsi melakukan analisa kritis atas kebijakan pendidikan, sekaligus juga memberikan advokasi atas kelompok yang dirugikan dalam kebijakan pendidikan;